농업경영체 설립 가이드｜영농조합법인·농업회사법인 인허가 절차와 농업법인 혜택 총정리

<목 차>

1️⃣ 농업경영체의 법적 위상과 역할
2️⃣ 농업인 등록 절차
3️⃣ 영농조합법인 및 농업회사법인 설립 절차와 핵심 비교
4️⃣ 농업법인의 혜택
5️⃣ 결론

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1️⃣ 농업경영체의 법적 위상과 역할

오늘날 농업은 단순한 생산의 단계를 넘어, 경영과 산업의 영역으로 확장되고 있습니다.
정부는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」을 통해 농업인을 ‘농업경영체’로 등록하도록 하고 있으며,
이를 통해 농업의 조직화·전문화·지속가능성을 강화하고 있습니다.

이 가운데 영농조합법인과 농업회사법인은 농업경영체의 핵심 조직으로,
단순한 생산을 넘어 가공·유통·체험·관광·개발사업 등 다양한 부가가치 활동을 수행하는
법적 주체이자 농촌경제의 중추 역할을 담당하고 있습니다.

특히 2025년 개정된 「농어촌정비법」은 이러한 농업법인을
농어촌관광휴양단지·관광농원·한계농지정비사업의 시행자로 명확히 규정함으로써,
농촌개발의 실질적인 주체로 제도적 기반을 마련했습니다.

행정사로서 다수의 법인 설립, 경영체 등록, 농어촌개발 인허가 자문을 수행하며 체감한 것은
법인의 목적과 절차를 명확히 이해하는 것이 곧 사업 성공의 출발점이라는 점입니다.

이번 글에서는 농업인 등록에서부터 법인 설립, 그리고 농업법인의 다양한 혜택까지
현행 법령과 실무지침을 바탕으로 구체적으로 안내드리겠습니다.

농업경영체 설립 - 행정사 사무소 테미스 02-6140-2002

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2️⃣ 농업인 등록 절차

농업법인 설립의 첫 단계는 ‘농업인 등록’입니다.
이는 「농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제3조에 근거하며,
다음 요건 중 하나 이상을 충족하시면 등록이 가능합니다.

• 농지 1,000㎡ 이상을 경작하거나
• 연간 90일 이상 농업에 종사하거나
• 연간 농업소득이 120만 원 이상인 경우

등록은 국립농산물품질관리원(NAQS) 에서 담당하며,
등록이 완료되면 고유의 ‘농업경영체 등록번호’가 부여됩니다.
이 번호는 직불금, 보조금, 세제감면 등 각종 지원사업의 필수 요건이 됩니다.

 

구분	등록 요건	증빙서류	담당기관	비고
농업인 등록	농지 1,000㎡ 이상 경작 또는 연 90일 이상 농업 종사 또는 연 120만 원 이상 농업소득	농지대장, 영농사실확인서, 농자재 구매·판매영수증	국립농산물품질관리원(NAQS)	등록 후 경영체 고유번호 부여
변경등록	경영면적·품목·주소 등 변경 시 14일 이내 신고	변경등록신청서	국립농산물품질관리원(NAQS)	미신고 시 지원 중단 가능

💡 행정사 실무 조언
농지 임차자의 경우, 임대차계약서와 영농사실을 증빙할 수 있는 자료(영농사진, 판매영수증 등)를 함께 제출하시는 것이 좋습니다.
등록 후 발급되는 농업경영체 등록확인서는 각종 보조금 및 세제혜택 신청 시 필수 서류이므로 반드시 보관하시기 바랍니다.

 

 

3️⃣ 영농조합법인 및 농업회사법인 설립 절차와 핵심 비교

가. 영농조합법인 설립 절차

영농조합법인은 「농어업경영체법」 제16조에 근거한 비영리 협업형 조직입니다.
농업인 또는 농업생산자단체 5인 이상이 공동으로 설립할 수 있으며,
목적은 협업을 통한 생산성 제고, 유통 효율화, 공동가공 및 농어촌휴양사업 추진에 있습니다.

설립은 먼저 5인 이상의 발기인이 발기인총회를 열어 시작됩니다.
이 자리에서 조합의 명칭, 목적, 사업범위, 출자좌수, 임원구성 등을 확정하고 정관안을 마련합니다.
정관에는 조합원의 자격, 가입·탈퇴 절차, 출자좌수, 손익배분, 회계연도 등을 반드시 포함해야 하며, 공증을 받아야 합니다.

이후 창립총회를 개최하여 정관 승인, 대표조합원 선출, 출자금 납입 확인 및 자산평가서를 확정합니다.
창립총회 의사록은 반드시 공증받아 제출해야 합니다.

모든 절차가 마무리되면 관할 등기소에 설립등기를 신청하고,
등기 후 시·군·구청장에게 설립신고를 하셔야 합니다.
등기 후 30일 이내 신고가 이루어지지 않으면 행정상 불이익이 발생할 수 있습니다.

마지막으로 세무서 사업자등록 및 NAQS 농업경영체 등록을 완료하시면
영농조합법인의 법적 지위가 완성됩니다.
조합원 수가 5인 미만으로 1년 이상 지속될 경우 해산사유가 되므로
항상 인원요건을 유지해야 합니다.

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나. 농업회사법인 설립 절차

농업회사법인은 「농어업경영체법」 제19조에 근거한 영리형 법인으로,
농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자,
또는 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌관광휴양사업을 하려는 자가 설립할 수 있습니다.

농업인 또는 농업생산자단체가 1인 이상 참여해야 하며,
비농업인은 총출자액의 90% 이하 범위에서 출자할 수 있습니다.
또한 업무집행권자 또는 등기이사의 3분의 1 이상이 농업인이어야 합니다.

💡 농업생산자단체란?
「농어업경영체법」 제2조제3호에 따르면,
‘농업생산자단체’란 농업인의 권익 보호, 생산성 향상, 공동판매·가공 등을 목적으로 설립된
협동조합, 조합공동사업법인, 농업협동조합 등을 말합니다.

농업회사법인의 형태는 「상법」에 따라
합명회사, 합자회사, 유한책임회사, 주식회사, 유한회사 중 선택이 가능합니다.
이 중 주식회사형이 가장 일반적이며, 자본조달과 투자유치가 용이합니다.

설립은 발기인이 정관을 작성하고,
창립총회에서 정관 승인, 대표이사 및 감사 선임, 사업계획 승인 등을 결의합니다.
이후 관할 등기소 설립등기 → 시·군·구청 통보 → 세무서 사업자등록 → NAQS 등록 절차를 거쳐
법인격이 완성됩니다.

농업회사법인은 자본형 구조로 수익사업, 관광, 체험, 유통 등
복합적인 농업비즈니스에 적합한 형태입니다.

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다. 영농조합법인 vs 농업회사법인 핵심 비교

 

구분	영농조합법인	농업회사법인
법적 근거	농어업경영체법 제16조	농어업경영체법 제19조
최소 발기인	농업인 5인 이상	농업인 또는 농업생산자단체 1인 이상
출자 구조	조합원만 출자, 준조합원(비농업인) 가능	농업인 10% 이상, 비농업인 90%까지 출자
법적 성격	협업형 (민법상 조합 준용)	기업형 (상법상 회사 준용)
주요 목적	공동영농, 출하·가공·유통, 농어촌휴양사업	생산, 가공, 유통, 체험·관광사업
법인형태	조합법인	합명·합자·유한책임·주식·유한회사
의결권	1인 1표제 (정관 예외 가능)	출자비율에 따른 의결권
농지·자산 소유	가능	가능(이사 1/3 이상 농업인일 것)
감독기관	시·군·구청장	시·군·구청장
실태조사	3년마다	3년마다
해산사유	조합원 5인 미만 상태 1년 지속	농업인 출자비율 미달 1년 지속

영농조합법인, 농업회사법인 - 행정사 사무소 테미스 02-6140-2002

4️⃣ 농업법인의 혜택

농업법인은 단순한 생산조직을 넘어
농어촌 개발과 지역경제 활성화의 주체로 활동할 수 있으며,
세제·정책·개발사업 참여 등 다양한 혜택이 부여됩니다.

(1) 농어촌정비법상 개발사업 참여

• 농어촌관광휴양단지(제82조) : 도시지역 외 단지 조성 가능, 기반시설비 일부 국비·지방비 지원
• 관광농원(제83조) : 농지전용부담금 감면, 체험·숙박시설 설치 가능
• 한계농지 정비지구(제91조~제100조) : 농업법인·지자체 공동시행, 분양 및 기반시설비 지원

(2) 세제 및 행정지원

• 「조세특례제한법」 제66조 : 법인세 50% 감면
• 같은 법 제106조 : 농업용 유류 면세 및 부가가치세 면제
• 「지방세특례제한법」 제6조·제7조 : 취득세·재산세 감면
• 「농지법」 제23조·제36조 : 농업법인 명의 농지임차·전용 특례
• 설립 시 등록면허세 및 인지세 경감

(3) 정책자금 및 복지지원

• 스마트팜 융자, 청년창업농, FTA 보전사업 등 정책자금 지원
• 공익직불금, 농기계 면세유, 농업용 전기요금 감면
• 농업인 건강보험료 경감, 농촌인력 고용장려금 지원

 

5️⃣ 결론 — 행정사 사무소 테미스의 전문 조력

영농조합법인은 협업형 비영리 조직으로,
공동생산·브랜드 개발·공동출하 등 협력 기반의 사업에 적합합니다.
반면 농업회사법인은 자본형 영리조직으로,
농산물 가공·유통·체험·관광 등 수익 중심의 복합사업에 유리합니다.

따라서 농업법인 설립을 준비하시거나,
기존 법인을 농어촌정비사업 시행 주체로 확장하고자 하신다면,
관련 법령·지침·행정절차에 정통한 행정사 사무소 테미스의 전문 조력을 받으시는 것이 가장 바람직합니다.

 

행정사 사무소 테미스는
농업법인 인허가, 정관 설계·검토, 농업경영체 등록, 농어촌휴양사업, 한계농지 정비·개발사업 등
모든 절차를 원스톱으로 지원하는 전문 행정컨설팅 기관입니다.

단순한 서류대행을 넘어
법인의 설립에서 지속가능한 운영과 성장까지 이어지는 실무형 솔루션을 제공합니다.
정확한 법령 해석과 행정실무 경험을 바탕으로,
귀하의 농업법인이 안정적으로 성장하고 확장할 수 있는 최적의 전략과 시스템을 제시하겠습니다.

 

 

 

📞 전문 상담 문의
행정사 사무소 테미스
대표 행정사 박민규
서울특별시 강동구 천호옛길 14, 302호(성내동, 강동빌딩)
☎ 02-6140-2002 ✉ rep_themis@naver.com

 

 

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