종교법인 설립 허가 전략 ｜2026 최신 지침과 세무 리스크 완벽 대응 가이드

 

최근 많은 종교 단체들이 자산 관리의 안정성을 확보하고 사회적 공신력을 높이기 위해 법인격 취득을 서두르고 있지만, 행정청의 심사 문턱은 그 어느 때보다 높기만 합니다. 단순히 종교적 신념이나 교세를 강조하는 것만으로는 부족하며, 특히 2026년 현재 정부는 실체가 불분명한 단체의 난립을 막고자 자산의 건전성과 실제 활동 여부를 매우 보수적인 잣대로 검증하고 있습니다.

종교법인 설립은 일반적인 비영리법인과 달리 행정청의 광범위한 재량권이 행사되는 영역이기에, 법령의 조문 해석을 넘어 그 이면에 숨겨진 행정적 의도까지 꿰뚫어 보는 치밀한 전략이 필수적입니다. 오늘 포스팅에서는 의뢰인의 소중한 자산을 보호하고 공익적 비전을 법적 실체로 구현하기 위한 핵심 설립 요건과 세무 전략을 심층적으로 분석해 보고자 합니다.

 

 

I. 종교법인의 법적 기반과 조직 형태의 결정

1. 민법 제32조에 근거한 비영리법인의 본질

국내 법제상 별도의 특례법이 존재하지 않는 종교법인은 「민법 제32조」에 따라 학술, 종교, 자선 등 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 비영리법인의 전형적인 형태를 띠게 됩니다. 법인은 「민법 제31조」에 의거하여 법률의 규정에 의해서만 성립할 수 있으며, 주무관청의 허가를 득한 후 등기 절차를 마쳐야 비로소 독립된 법인격을 취득하게 됩니다. 따라서 설립 초기부터 법인의 자치 법규인 정관을 통해 목적사업의 범위를 명확히 규정하고, 그 범위 내에서만 권리와 의무의 주체가 될 수 있음을 인지해야 합니다.

 

2. 인적 결합과 재산적 기초에 따른 사단·재단법인 선택

종교 단체의 성격에 따라 조직의 형태를 신중히 결정해야 하는데, 다수의 신도가 참여하여 민주적 의사결정을 중시하는 교단이나 총회라면 '사람'의 집단이 주체가 되는 사단법인이 적합합니다. 반면 특정 출연자가 거액의 자산을 내놓아 사찰이나 성당 등 종교 시설을 영구히 보존하고 관리하는 것이 목적이라면 '재산'에 법인격이 부여되는 재단법인의 형태가 유리합니다. 각 형태에 따라 필수적으로 기재해야 할 정관의 내용과 주무관청이 요구하는 기본재산의 성격이 다르기에, 테미스(Themis)와 같은 전문가의 사전 설계가 반드시 동반되어야 합니다.

II. 설립 허가를 위한 인적·물적 구성 요건

1. 임원진 구성과 행정청의 정책적 심사 기준

종교법인의 설립을 주도하는 발기인들은 정관에 기명날인하고 설립 취지서를 작성해야 하며, 이사회는 통상 이사 5명 이상 15명 이하, 감사 2명으로 구성하는 것이 일반적인 행정 실무입니다. 이때 주의할 점은 사회복지법인 등에서 요구하는 '특수관계인 1/5 제한' 규정이 일반 종교 비영리법인에 직접 적용되는 법정 의무는 아니라는 사실입니다. 다만 문화체육관광부의 표준정관과 지자체의 내부 지침에서는 운영의 공정성을 담보하기 위해 이를 정책적 권고 기준으로 제시하는 경우가 많으므로, 허가 확률을 높이기 위해서는 이 비중을 적절히 조절하는 전략적 배치가 필요합니다.

 

2. 영속성 증명을 위한 자산 출연 및 지자체별 내부 지침

허가 심사에서 가장 큰 관건은 법인이 영속적으로 종교 활동을 이어갈 수 있는 재정적 기초를 갖추었는지 여부이며, 이를 위해 출연하는 기본재산의 규모가 매우 중요합니다. 실무상 사단법인은 3~5억 원 내외의 현금 또는 부동산, 재단법인은 30억 이상 출연을 요구하는 경우가 많으나, 이는 법에 명시된 수치가 아니라 지자체별 사업 지침에 따른 내부 행정 기준이기에 지역과 교세의 실질에 따라 유연하게 대응해야 합니다. 출연된 자산은 법인 성립과 동시에 법인 소유로 귀속되며, 이후 기본재산의 매도나 담보 제공 시에는 주무관청의 사전 허가라는 엄격한 관리가 따르게 됩니다.

종교법인설립허가 - 행정사 사무소 테미스 02-6140-2002

III. 행정 절차의 단계별 핵심 전략과 실지조사

1. 시·도지사 위임 사무에 따른 주무관청 소통 실무

종교법인의 설립 허가권은 원칙적으로 문화체육관광부 장관에게 있으나, 현재 대부분의 사무는 지방자치단체의 장(시·도지사)에게 위임되어 수행되고 있습니다. 단, 활동 범위가 2개 이상의 광역 지자체에 걸쳐 있는 경우에만 문체부가 직접 주관하며, 일반적인 지역 활동 위주의 법인은 해당 지자체의 종무 담당 부서와 긴밀한 사전 협의를 거쳐야 합니다. 행정청은 제출된 사업계획서가 실제 종교적 목적에 부합하는지, 그리고 출연 자산의 수익이 목적 달성에 충분한지를 종합적으로 판단하여 허가 여부를 결정합니다.

 

2. 정관 작성의 법적 요건과 활동 실적 증명 방법

허가 단계의 하이라이트는 행정 공무원이 현장을 직접 방문하여 확인하는 '실지조사' 단계라 할 수 있습니다. 이 과정에서 과거의 예배나 법회 기록, 신도 명부 등 실질적인 종교 활동 실적을 증명하지 못하거나 출연 재산의 소유권이 불분명할 경우 신청은 반려될 가능성이 매우 높습니다. 또한 정관은 「민법 제40조 및 제43조」에 따른 필요 사항을 완비해야 하며, 특히 해산 시 잔여재산을 국가나 지자체 또는 유사 공익법인에 귀속시킨다는 조항을 명확히 함으로써 법인의 공익적 진정성을 행정청에 전달해야 합니다.

IV. 세무상 지위와 공익법인 사후 관리 의무

1. 출연재산 증여세 과세가액 불산입과 전제 요건

종교법인은 「상속세 및 증여세법 시행령 제12조 제1호」에 규정된 공익사업을 영위하는 공익법인등에 포함되어 세무상 강력한 혜택을 누릴 수 있습니다. 그러나 설립 시 출연받는 재산은 원칙적으로 증여세 과세가액에 산입되지 않으나, 이는 단순히 허가만으로 주어지는 무조건적 면제가 아님을 명심해야 합니다. 출연받은 날로부터 3년 이내에 공익목적사업에 직접 사용해야 하는 의무를 비롯하여, 특정 개인의 사적 이익을 위해 자산이 유출되지 않아야 한다는 사후 관리 요건을 충족해야만 비과세 혜택이 종국적으로 유지됩니다.

 

2. 법인세법에 근거한 법정 공익법인의 기부금 영수증 발행 권한

종교 목적의 비영리법인은 「법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목」에 따라 별도의 국세청 추천이나 지정 절차 없이도 세법상 공익법인의 지위를 자동으로 획득합니다. 이에 따라 신도나 후원자에게 세액 공제 혜택을 제공하는 기부금 영수증을 즉시 발행할 수 있는 권한을 갖게 됩니다. 다만 이러한 지위를 지속하기 위해서는 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 '공익법인 의무이행 여부'를 주무관청에 보고해야 하며, 수익사업을 병행하는 경우 목적사업 회계와 엄격히 구분 경리하여 투명성을 입증해야 할 의무가 뒤따릅니다.

 

[결론]

종교법인의 설립은 단순한 서류의 구비를 넘어, 행정청의 정책적 판단과 고도의 재량 행위에 대응해야 하는 전문적인 과정입니다. 특히 일반적인 비영리법인 설립보다 훨씬 엄격한 '종교적 실질'과 '자산의 확실성'을 요구받기에, 법령의 행간을 읽지 못하는 접근은 보완과 반려의 반복으로 이어질 수밖에 없습니다. 사회적 공헌도가 높은 종교 활동이 법적 실체로 거듭나 세제 혜택과 운영의 안정성을 동시에 확보하기 위해서는 초기 정관 설계부터 사후 세무 관리까지 아우르는 치밀한 전략이 필수적입니다.

행정사 사무소 테미스(Themis)는 의뢰인의 숭고한 종교적 비전이 법의 보호 아래 건실한 법인으로 뿌리 내릴 수 있도록 최적의 행정 솔루션을 제공하고 있습니다. 설립 허가의 복잡한 문턱을 넘어 법인의 공익성을 완벽히 증명하고 싶으시다면, 풍부한 실무 경험과 최신 법령 지식을 겸비한 테미스의 조력과 함께 시작하시기 바랍니다.

 

[FAQ]

Q1. 법인 설립 전에 교회 명의로 부동산 등기가 가능한가요?

A1. 아니요, 불가능합니다. 신설 종교법인 설립 전에는 법인격이 존재하지 않으므로 설립될 법인 명의로 등기할 수 없습니다. 따라서 먼저 설립 허가를 받고 등기를 마쳐 법인격이 생성된 후에야 출연 재산의 소유권을 법인으로 이전할 수 있습니다.

 

Q2. 기부금 영수증을 발행하려면 국세청의 별도 승인을 받아야 하나요?

A2. 종교법인은 세법상 당연 공익법인에 해당하므로 설립 허가와 동시에 발행 권한이 생깁니다. 다만 매년 정해진 기한 내에 의무이행 여부를 보고하지 않을 경우 해당 지위가 취소될 수 있으므로 사후 관리에 만전을 기해야 합니다.