장학재단 설립 허가 로드맵｜2026년 교육청 최신 지침과 증여세 과세가액 불산입 전략

최근 장학재단 운영의 패러다임은 단순한 자산 분배를 넘어 운영의 투명성과 전문성 강화라는 공공의 가치 실현으로 급격히 이동하고 있습니다. 정부 역시 사회서비스정보시스템 등을 통한 행정 업무의 전자화와 자산 건전성 심사를 더욱 엄격히 집행하며, 법인의 '공공성' 확보를 설립 허가의 최우선 기준으로 삼는 추세입니다.

이러한 행정 환경의 변화는 설립 희망자들에게 더욱 치밀한 법률적·행정적 대비를 요구하며, 특히 2026년 교육청 실무 지침에 따른 자산 수익성 검증은 설립의 성패를 좌우하는 가장 큰 고비가 되고 있습니다. 따라서 오늘 포스팅에서는 행정사 사무소 테미스(Themis)의 전문적 식견을 바탕으로 성공적인 장학재단 설립을 위한 법적 본질과 상세 요건을 심층적으로 분석해 드리고자 합니다.

 

I. 장학재단의 법적 정의와 조직 형태의 결정

1. 공익법인법에 근거한 장학재단의 본질

장학재단은 「민법」 제32조에 의한 비영리법인이면서 동시에 학자금·장학금 등의 보조를 목적으로 하는 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 공익법인법)」 제2조에 따른 공익법인에 해당되며 법인은 법률의 규정에 의해서만 성립할 수 있으며, 주무관청의 허가를 득한 후 설립등기를 마쳐야 비로소 독립된 법인격을 취득하게 됩니다. 이러한 장학재단은 사회 일반의 이익에 이바지해야 하므로 수혜자의 범위를 특정 문중이나 지인으로 한정할 수 없다는 공정성의 원칙이 설립 단계부터 철저히 요구됩니다.

 

2. 재단법인 형태의 필수성과 공익적 가치

장학사업은 일시적 기부를 넘어 출연된 자산의 수익을 통해 영구적으로 인재를 지원하는 구조이므로, '재산'에 법인격이 부여되는 재단법인의 형태가 일반적입니다. 설립자는 「민법」 제43조에 따라 목적, 명칭, 자산 관리 방법 등이 포함된 정관을 작성하여 기명날인해야 하며, 이는 법인의 자치 법규로서 설립자의 의지를 담아내는 근간이 됩니다. 특히 장학사업이 주된 목적인 경우 반드시 공익법상 공익법인으로만 설립할 것을 지침으로 정하고 있어, 초기 설계 단계부터 전문가의 정밀한 법무 검토가 필수적입니다.

II. 설립 허가를 위한 구체적 자산 및 인적 기준

1. 기본재산 10억 원 및 보통재산 3% 별도 출연 규정

서울시교육청의 최신 지침에 따르면, 재단법인 형태의 장학재단을 설립하기 위해서는 최소 10억 원 이상의 기본재산을 출연해야 합니다.(교육부, 시도교육청별 상이하나 일반적으로는 5억원 이상) 또한 설립 후 제세공과금 등 창립비용과 당해 연도 목적사업 수행을 위해 기본재산 외에 기본재산의 3% 이상을 보통재산으로 별도 출연해야 함을 명시하고 있습니다. 다만, 이러한 자산 기준은 각 시도 교육청별 내부 지침에 따라 일부 상이할 수 있으므로, 사무소 소재지 교육청의 기준을 사전에 확인하여 자산 규모를 산정하는 전략이 요구됩니다.

• 교육부 소관 비영리법인 및 공익법인의 설립·감독 업무는 원칙적으로 시·도 교육감에게 위임되어 있습니다. 다만 일반적인 행정 위임 체계상 사업 범위가 2개 이상의 시·도(광역자치단체)에 걸쳐 있는 경우는 원칙적으로 중앙부처가 주무관청이 됩니다.

2. 이사회 구성 시 특수관계인 제한과 감사 선임 의무

이사회의 공정성을 담보하기 위해 공익법인법 제5조는 매우 엄격한 인적 구성을 요구하는데, 이사는 5명 이상 15명 이하, 감사는 2명을 정수로 정해야 합니다. 특히 출연자나 이사와 6촌 이내 혈족 등 '특별한 관계에 있는 자'의 수는 이사 현원의 5분의 1을 초과할 수 없으며, 감사는 이사와 특수관계가 없어야 한다는 제한 규정을 두어 사유화를 방지하고 있습니다. 이러한 구성을 위반할 경우 설립 허가는 물론 취임 승인 자체가 취소될 수 있으므로 임원진 매칭 단계부터 법리적 검토가 수반되어야 합니다.

장학재단 설립허가 - 행정사 사무소 테미스 02-6140-2002

III. 행정 절차의 단계별 핵심 전략과 사후 관리

1. 교육청 설립 허가 로드맵과 실지조사 대응

장학재단의 주무관청은 사무소 소재지 관할 교육청이며, 신청 접수 후 행정청은 법인의 목적과 사업이 실현 가능한지, 재정적 기반이 확립되어 있는지를 종합 심사하여 14일 이내에 허가 여부를 결정합니다. 허가 단계의 핵심은 공무원이 현장을 직접 방문하는 '실지조사'로, 이때 독립된 사무실 확보 여부와 출연 자산의 실체를 엄격히 검증하게 됩니다. 테미스(Themis)는 이러한 현장 실사에 대비하여 법인의 공익적 진정성을 소명하는 맞춤형 가이드 제공 및 실무 서류 준비를 지원합니다.

 

2. 의료기관 운영 금지 및 정기 보고 기한 준수

서울시교육청 지침상 설립 허가 시 "장학재단은 의료기관을 운영할 수 없음"을 허가 조건으로 명확히 기재하도록 되어 있어 목적사업 설정 시 각별히 주의해야 합니다. 또한 설립 허가 후 3주 이내에 설립등기를 마치고, 등기 완료일부터 7일 이내에 교육청에 등기 보고를 마쳐야 과태료 리스크를 피할 수 있으며 사후 관리 차원에서도 매 회계연도 개시 1개월 전까지 사업계획 및 예산을 제출하고, 운용소득의 80% 이상을 공익목적사업에 직접 사용해야 하는 의무를 철저히 이행해야 합니다.

IV. 세무상 지위와 출연재산의 과세가액 불산입 실무

1. 상증법 제48조에 따른 과세가액 불산입(조건부 비과세)

장학재단은 「상속세 및 증여세법」 제48조에 따라 세무상 강력한 혜택을 누릴 수 있습니다. 설립 시 출연자가 내놓는 재산의 가액은 원칙적으로 증여세 과세가액에 산입되지 않습니다. 그러나 이는 영구적인 면제가 아닌 '조건부 비과세'의 성격을 띠고 있음을 명심해야 합니다. 출연받은 날로부터 3년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업에 전부 사용해야 하며, 만약 정당한 사유 없이 이를 이행하지 않거나 사업을 중단할 경우, 면제받았던 증여세가 추징되는 치명적인 결과가 발생할 수 있습니다.

 

2. 법인세법에 근거한 기부금 영수증 발행과 의무이행 보고

장학 목적의 공익법인은 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 나목에 따라 공익법인등의 지위를 갖습니다. 이를 통해 법인은 후원자에게 세액 공제 혜택을 제공하는 기부금 영수증을 적법하게 발행할 권한을 갖게 됩니다. 하지만 이러한 세무상 권위는 공짜가 아니며, 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 '공익법인 의무이행 여부'를 주무관청과 국세청에 보고하고 결산 서류를 투명하게 공시해야만 해당 비과세 지위가 안정적으로 유지됩니다.

 

[결론]

장학재단 설립은 출연자의 공익적 철학을 법이라는 그릇에 담아 대를 이어 전수하는 고귀한 과정이지만, 그 과정은 결코 단순하지 않습니다. 특히 서울시교육청의 '10억 자본금 기준'과 '보통재산 별도 확보' 지침, 그리고 상증법상의 '과세가액 불산입' 요건은 일반 비영리법인 설립과는 차원이 다른 행정적·재무적 전문성을 요구합니다. 또한 지자체 교육청마다 상이한 재량적 심사 기준을 꿰뚫어 보고, 설립 허가부터 사후 세무 리스크 관리까지 아우르는 치밀한 전략이 뒷받침되어야 합니다.

 

행정사 사무소 테미스(Themis)는 2026년 최신 교육청 지침을 완벽히 숙달하고 의뢰인의 자산 가치가 법적 보호 속에서 인재 육성의 마중물이 될 수 있도록 최적의 인허가 솔루션을 제공합니다. 설립 허가의 높은 문턱을 가장 빠르고 확실하게 넘고 싶으시다면, 풍부한 실무 경험을 보유한 테미스의 전문적인 조력과 함께 시작하시기 바랍니다.

 

[FAQ]

Q1. 장학재단 설립 시 10억 원 미만의 자산으로는 절대 불가능한가요?

A1. 서울시교육청 지침상 10억 원이 원칙이나, 목적사업의 규모나 시도 교육청별 내부 지침에 따라 기준이 다를 수 있습니다.(통상 5억원 이상) 타 지역이나 특수 사례의 경우 조정 가능 여부에 대해 전문가와의 구체적인 상담이 필요합니다.

 

Q2. 출연재산에 대해 증여세를 내지 않기 위해 가장 주의할 점은 무엇인가요?

A2. 「상속세 및 증여세법」 제48조에 따라 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용해야 합니다. 또한 매년 운용소득의 80% 이상을 사업비로 집행하는 등 사후 관리 의무를 준수하지 않으면 비과세 혜택이 취소되고 세금이 추징될 수 있습니다.

 

Q3. 설립 허가 후에 감사를 반드시 2명 두어야 하나요?

A3. 공익법인법 제5조에 따라 감사 2명 선임은 강행 규정입니다. 그중 1명은 반드시 법률이나 회계에 관한 지식과 경험이 있는 전문가로 구성하여 운영의 투명성을 입증해야 합니다.